矩陣型組織結構試圖在穩定性的職能型組織與臨時性的項目型組織之間取得平衡。基于此，矩陣型組織結構的常見矛盾也恰好是職能部門工作和項目工作間的矛盾。項目經理能對來自職能部門的團隊成員產生較強的影響力，是矩陣型組織下項目取得成功的關鍵點。

在矩陣型組織中，項目中來自職能部門的團隊成員更傾向于服從職能經理的任務安排。其本質原因是職能經理對團隊成員在公司中的績效考核和職位升遷的影響更大，這幾乎是個人無力改變的事實。因此，項目經理應想辦法和職能經理達成共識，盡管這比較困難，因為同一個職能部門往往會同時參加公司其他的項目，而且還同時承擔著自己部門的任務。
只有一塊手表，戴表的人可以知道時間，而有兩塊表或者兩塊以上的手表，并不能告訴一個人更準確的時間，反而會制造混亂。這就是著名的手表定律。在同一時刻，一個人同時受兩個領導指揮，會使人無所適從，這也對項目管理提出了極高的要求。正如拿破侖所言:"寧要一個平庸的將軍帶領一支軍隊，絕不要兩個天才率領同一軍隊?！北仨殲轫椖繄F隊設置統一的目標、尺度，進行一元化管理最忌產生多頭管理。在矩陣型組織中，需要項目經理擁有更高的協調能力。

矩陣型組織結構在實際工作中最為常見。這種職能部門人員臨時參與項目、項目結束時釋放資源的方式，引發了項目中關于人的最常見問題:爭奪職能資源。統計發現，項目人力資源管理的問題中 85%以上來自矩陣型組織結構，而這其中的大多數問題又都與項目經理認為自身權力不足有關。
在矩陣型組織中，常見的問題包括:
1、項目經理如何增強自己的影響力?
2、職能部門經理不配合，怎么辦?
3、項目實施過程中職能經理更換了自己職能部門的人員，如何應對?
4、其他職能部門經理推卸責任，怎么辦?
5、如何制定項目的績效考核體系?
6、項目的獎金要如何發放?
7、項目組成員分配過多精力給其自身所在部門工作從而影響了項目，如何應對?
8、未經項目經理同意，職能部門經理給自己部門成員放假，如何處理?
9、如何跟其他項目經理爭奪一個關鍵核心資源? 

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