不管項目經理的經驗多么豐富的，很少有項目是從始至終一帆風順的，每個項目總是會用各種各樣的問題來挑戰項目經理的決策及執行及糾偏能力。尤其當項目經理在試圖控制項目時就經常要面對一些出現的挑戰：

（1）組織安排時間的影響。如果在時間報告和項目成本跟蹤方面遇到組織安排問題。就會影響績效報告的及時性和準確性。因此，在計劃過程中，需要理解和明白如何報告項目時間和成本信息，以及要花多少時間來獲取這方面的數據。甚至是設立具體的時間報告或批準程序來確保控制系統的完整性。
（2）項目經理不情愿或任務繁重。一般來說，項目經理不太情愿需要由項目團隊成員制定的WBS層級時間報告。另外，如果項目經理的任務繁重，就沒有足夠的時間投入到項目控制中去。當項目經理同時擔任多個角色或者負責多個項目時最容易出現這種情況。
（3）無法準確衡量進度。無法準確衡量進度是產出無形產品的工作任務中自然會遇到的難題，尤其是當項目狀態是估算出來的時候。如果工作定義不清楚，又沒有設立正式的標準，或者不按要求匯報工作的話，這個問題會更加復雜。
（4）缺少變更控制。最普遍的原因就是缺少變更控制程序。如果項目范圍擴大，而項目進度計劃和預算又沒有做出適當調整時，缺乏變更控制程序就會帶來很多問題。
（5）沒有設定完成標準。如果沒有給工作任務清楚地設定完成標準，就很可能會增加返工次數，更難以準確地報告進度或狀態。
（6）沒有指定預算。如果沒有設立并控制進度計劃和預算，就無法準確地衡量績效偏差，因此也就不大可能盡早發現問題。
（7）執行不一致。如果對控制程序的執行不一致，就難以盡早識別績效偏差，更難與讓項目團隊成員遵循定義好的控制程序。
（8）隱性工作的影響。這主要是工作定義和變更控制方面的問題。在未識別的工作任務、未預料的返工或超出項目范圍的工作上所做的努力，會給項目控制程序的準確性和有效性帶來影響。

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