工程項目管理軟件相對于一般的工具來說，它的使用除了會基本操作，會做項目申請，項目立項、會建立活動、會提交工時表、懂需求變更，會利用工具做報表等等，更重要的是需要懂得軟件本身之于企業、個人的要求和效用;要理解工程項目管理軟件背后蘊含的項目管理理論和項目管理思想。而不僅僅像一般的工具那樣，懂得操作的方法就行了。
工程項目管理軟件的應用能夠為企業帶來大的效益，而本身也是較為復雜的工具，項目管理軟件對人的要求也相對較高。以項目管理經理來說，熟練掌握工程項目管理軟件是必須的，可是只有連同工程項目管理軟件背后的管理原理一起掌握，才能夠用所學知識，解釋企業生產經營管理活動所采用的相關理論，才能夠具備發現企業管理現存的關鍵問題。
會使用、會操作工程項目管理軟件只是最基本的能力，這對于一般人來說都是非常簡單的。而真正掌握項目管理軟件核心的，會應用項目管理軟件的人卻并不多。但恰恰只有會應用項目管理軟件的人才能夠深刻理解并能夠融會貫通的掌握。更高水平的學習成果，需要建立在對知識、技能掌握的基礎上有自我的創新，學會去應用好我們手上的項目管理軟件。